ノウ博士の研究室を訪ねてきた微生物研究所の助手チョウ先輩の策略で、 またしてもヒポクラテス号に乗って小さくなってしまったジオ。 顕微鏡無しで微生物を見ることができることに興奮したチョウ先輩は、 いやがるジオを説得して、微生物の世界への探検を始めてしまった。 一方、ジオたちがいなくなったことに気づいたケイは、2人を必死に探し回るが……。 発酵や腐敗など、微生物のはたらきを通して、 目に見えないほどの小さな生物が、 どれほど人間の生活に深いかかわりがあるのかを学習します。
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